domingo, 6 de febrero de 2011

Minería de datos genéticos

Uno de los principales campos de aplicación de la Bioinformática y concretamente de la Minería de Datos, a día de hoy,  es la Genética.

Fig. 1: Fragmento de ADN: "Dispositivo" de almacenamiento de datos biológico.

Siguiendo el  esquema de proceso de datos genéticos con el que trabajan en el Instituto para la Informática Médica y la Biometría de la Universidad de Rostock (ver figura 2); damos un repaso general al estado del arte en el proceso de datos genéticos.

En la primera fase es la de adquisición de datos en bruto. Estos datos provienen de las siguientes fuentes:
  • Obtención de microarrays de ADN en laboratorio.
  • Relaciones causales entre genes.
  • Datos clínicos.
  • Redes genéticas.
En una segunda etapa estos datos experimentales se estructuran y almacenan como una base de datos de la que se nutrirán las técnicas de minería.


Fig. 2. Esquema de proceso de datos en el Instituto para la Informática Médica y la Biometría, Universidad de Rostock.


En el último paso se extrae la información que interesa a los genetistas:
  • Relaciones causales entre genes y determinación de propiedades proteicas usando minería de texto sobre publicaciones cientríficas.
  • Categorización de patrones genéticos mediante inteligencia artificial.
  • Predicción de las funciones que desempeñan los genes gracias a redes genéticas causales y a métodos estadísticos.
  • Análisis de microarrays usando métodos estadísticos.
  • Representación gráfica de redes genéticas causales.
Bibliografía:
Änne Glass & Thomas Karopka (2002). Genomic Data Explosion – The Challenge for Bioinformatics?

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